قصة الفيلم
تستمر السلاحف في العيش في الظل ولا أحد يعرف أنهم هم الذين أسقطوا شريدر. فيرنون هو الشخص الذي يعتقد الجميع أنه هو الذي أسقط شريدر. أبريل أونيل يقوم ببعض التطفل ويكتشف عالمًا يُدعى يعمل باكستر ستوكمان لدى شريدر. وهو يخطط لتهريبه أثناء إحضاره. يخبر أبريل السلاحف التي تحاول إيقافه لكنها لا تستطيع. يحاول ستوكمان نقل شريدر لكن بطريقة ما ينتهي به الأمر في بُعد آخر ويلتقي بشخص آخر. أمير الحرب المسمى Krang الذي يوجه Shredder لتجميع جهاز النقل الآني الذي أرسله إلى الأرض منذ وقت طويل. ويعطي Shredder بعض المطفرات التي يستخدمها لتحويل اثنين من المجرمين الذين كانوا معه أيضًا في النقل، Rock Steady و Bebop، إلى متحولين. ثم شرعت في العثور على الجهاز. رأت أبريل التحول أثناء التحقيق مع ستوكمان. أخذت المطفرة وطاردتها أتباع شريدر، عشيرة القدم. تم إنقاذها من قبل رجل يدعى كيسي جونز الذي كان ينقل شريدر. تظهر السلاحف ويحاولون العمل معًا. في المشاجرة، ينتهي الأمر بالمطفرة مع الشرطة. مع العلم أن Shredder سيحاول استعادته، تحاول April الحصول عليه أولاً وتطلب من Vern المساعدة. في النهاية تم القبض عليها هي وكيسي. تحصل السلاحف على المطفر ويقوم دوناتيلو بتحليله، ويتعلم أنه يمكن أن يجعلهم بشرًا، وهو ما يخبره ليوناردو الذي يطلب منه أن ينساه وألا يخبر الآخرين. لكن مايكل أنجلو يخبر رافائيل الذي يشعر أن ليوناردو لا يحترمهم).